本校前身為高雄州立屏東農業補習學校，創立於1924年；後規模擴大，於1928年易名為高雄州立屏東農業學校，1945年改制並改名為臺灣省立屏東農業職業學校(1959年改制為臺灣省立屏東高級農業職業學校)。
1954年臺灣省政府於屏東創設臺灣省立農業專科學校。彼時，與臺灣大學、師範學院(臺灣師大前身)、臺中農學院(中興大學前身)及臺南工學院(成功大學前身)，並稱臺灣五大學府。1963年臺灣省立農業專科學校與臺灣省立屏東高級農業職業學校合併，仍名為臺灣省立農業專科學校，1965年更名為臺灣省立屏東農業專科學校。為揚譽海外的農耕隊和國內各行各業培育了無數菁英，既為國家穩固了邦交，更為臺灣經濟的起飛奠下了厚實的基礎。
爾後，本校於1991年升格為國立屏東技術學院。與北部的臺灣工業技術學院及新成立的雲林技術學院，是當時全國技職教育體系中唯三的技術學院；1997年又與臺灣工業技術學院、雲林技術學院率先改名為國立屏東科技大學。在臺灣技職教育體系日趨完整的每一階段，本校皆居於龍頭之位。
此外，本校於1986年遷入現址內埔鄉老埤地區，並於1990年完成遷校。倚大武山，傍東港溪，校地之廣，居全國之冠；校舍依地勢規劃而建，極具淳樸特色，且視野遼闊，優美如畫，校景之好，媲美國家公園，致有「國家公園大學」之美稱，是學生培養專技、陶冶人格、強健身心的最佳天地，也是教師最理想的研究教學環境。
- 1924年
- 高雄州立屏東農業補習學校
- 1928年
- 高雄州立屏東農業學校
- 1945年
- 臺灣省立屏東農業職業學校(1959年 改制為臺灣省立屏東高級農業職業學校)
- 1954年
- 臺灣省立農業專科學校
- 1963年
- 臺灣省立農業專科學校與臺灣省立屏東高級農業職業學校合併，仍名臺灣省立農業專科學校
- 1965年
- 臺灣省立屏東農業專科學校
- 1981年
- 國立屏東農業專科學校
- 1991年
- 國立屏東技術學院
- 1997年
- 國立屏東科技大學